Le troisième livre des « Œuvres du Saint-Esprit » traite de la Sagesse comme don de l’Esprit dans les sacrements du baptême et de l’eucharistie. Le livre IV parle du don de l’Intelligence, avec comme point de départ l’intelligence des prophéties accordée aux apôtres dès le soir de Pâques.

Au moment où la théologie scolastique commence à prendre forme par l’introduction de la dialectique dans les écoles, Rupert incarne la réaction de la «Lectio divina» traditionnelle. Dans la troisième partie de son ouvrage sur la Trinité, il développe les «Œuvres du Saint-Esprit» au fil de l’histoire sainte avec quelques digressions dogmatiques. Les deux livres présentés dans ce tome traitent de l’ancien et du nouvel Adam, du baptême au Jourdain et du livre de Job.